Dalam buku “Tuah Bumi Mataram” karya Peri Mardiyono disebutkan cerita tentang pemberontakan Pragola II yang terjadi pada masa pemerintahan Sultan Agung.
Jika pemberontakan Pragola I terjadi pada masa Mataram dikuasai oleh Panembahan Senopati maka pemberontakan Pragola II meletus di masa pemerintahan Sultan Agung. Pragola I adalah putra Ki Ageng Panjawi, saudara seperjuangan Ki Ageng Pemanahan ketika menaklukkan Arya Penangsang. Namun Pragola II bukanlah anak dari Pragola I. Ia adalah anak dari Pangeran Puger sedangkan Pangeran Puger adalah kakak dari Panembahan Hanyokrowati di mana keduanya merupakan anak dari Panembahan Senopati.
Pangeran Puger atau Raden Mas Kentol Kejuron merupakan anak kedua Panembahan Senopati yang lahir dari istri selir bernama Nyai Adisara. Ia lahir setelah Raden Rangga yang meninggal dunia di usia muda. Maka putra tertua jatuh kepada Pangeran Puger atau Raden Mas Kentol Kejuron sehingga ia merasa paling berhak atas tahta Mataram dibanding Raden Mas Jolang atau Panembahan Hanyokrowati. Karena merasa berhak menduduki tahta Mataram, ia melakukan pemberontakan kepada Panembahan Hanyokrowati. Meskipun Pangeran Puger telah diberikan kekuasaan sebagai Adipati Demak namun tidak lantas membuatnya puas. Ia tetap melancarkan pemberontakan kepada Panembahan Hanyokrowati setelah kematian ayahnya. Perang saudara pun meletus antara Mataram dan Demak. Akhirnya pada tahun 1605, Pangeran Puger berhasil ditangkap dan dibuang ke Kudus.
Selanjutnya, Pangeran Puger beranak Pragola II. Sementara itu, adik Sultan Agung yang bernama Ratu Mas Sekar adalah istri dari Pragola II sehingga pemberontakan Pragola II merupakan perlawanan adik kepada kakak iparnya.
Pemberontakan Pragola II diduga merupakan perjuangan lanjutan dari pemberontakan sebelumnya yang dilakukan oleh ayahnya, Pangeran Puger di mana Pangeran Puger pernah melakukan pemberontakan kepada Panembahan Hanyokrowati. Artinya, perseteruan antara Pangeran Puger dan Pangeran Hanyokrowati dilanjutkan oleh anak-anak mereka. Jika Pangeran Puger memberontak saat menjabat sebagai Adipati Demak, Pragola II memberontak saat ia menjabat sebagai Adipati Pati.
Pemberontakan Pragola II dimulai dari upaya penaklukkan sejumlah wilayah Mataram di bagian pesisir utara Jawa. Pragola II menganggap bahwa Pati dengan Mataram adalah dua kekuatan yang setara atau sederajat sehingga tidak ada kewajiban Pati untuk tunduk kepada Mataram. Pragola II tidak mau mengikuti Pisowanan Agung yang diwajibkan oleh Sultan Agung kepada para bawahan Mataram. Maka terjadilah perpecahan dan peperangan dahsyat diantara keduanya. Awalnya Pati lebih unggul namun para sentana Mataram berhasil memukul mundur tentara Pati. Di tengah-tengah pertempuran, Pragola II langsung berusaha menerjang target utamanya yaitu Sultan Agung. Mengetahui hal itu, seorang asisten Sultan Agung bernama Ki Naya Darma segera menghadapi terjangan Pragola II. Dalam perang tanding itu, Ki Naya Darma berhasil menghujamkan tombaknya ke lambung Pragola II yang mengakibatkan tewasnya Adipati Pati tersebut. Perlawanan Adipati Pragola II itu seolah menjadi tanda kewibawaan Kadipaten Pati sampai hari ini sehingga menjadi sebuah pantangan bagi masyarakat Pati yaitu agar orang Pati tidak boleh menikah dengan orang Mataram. Meskipun demikian, bagi masyarakat yang sudah maju pemikirannya, pantangan seperti ini tentu saja tidak harus diikuti atau dipatuhi. Peristiwa pemberontakan Pati itu terjadi di tahun 1627 atau sebelum Mataram menyerang VOC di Batavia.
